Os órgãos de governo da Federação MarCha Compostela são a Assembleia Geral e a Direção.
A Assembleia Geral de membros é o órgão de expressão da vontade da federação. Está integrada por um representante de cada associação membro, designado por esta. Reúne-se com carácter ordinário duas vezes por ano e, com carácter extraordinário, o número de vezes que a Assembleia decidir ou sempre que uma terça parte das entidades membro o solicitar.
A Direção é o órgão que se encarrega da direção da Federação e conta com 8 cargos, eleitos pela Assembleia Geral. A duração no exercício do cargo dos membros será de três anos, com possibilidades de serem reeleitos.
A Federação também conta com o apoio de um técnico de gestão, uma função que atualmente desempenha Noelia Morán Morán.
