Los órganos de gobierno de la Federación MarCha Compostela son la Asamblea General y la Junta Directiva.
La Asamblea General de miembros es el órgano de expresión de la voluntad de la federación. Está integrada por un representante de cada asociación miembro, designado por esta. Se reúne con carácter ordinario dos veces al año, y con carácter extraordinario, cuantas veces acuerde la Asamblea o lo soliciten la tercera parte de las entidades miembro.
La Junta Directiva es el órgano que se encarga de la dirección de la Federación y cuenta con 8 cargos, elegidos por la Asamblea General. La duración en el ejercicio del cargo de los miembros será de tres años, pudiendo ser reelegidos.
La Federación también cuenta con el apoyo de un técnico de gestión. Actualmente Noelia Morán Morán desempeña esta función.
